進入21世紀后，全國共有1700多個大豆新品種通過國家和省級審定。全國各地大豆高產(chǎn)示范田均實現(xiàn)了畝產(chǎn)180-200公斤的產(chǎn)量，黃淮海多次出現(xiàn)實收畝產(chǎn)超過300公斤的高產(chǎn)典型，最高產(chǎn)量達到349.2公斤。南方地區(qū)也培育了一批適宜間套作種植的大豆新品種和鮮食大豆品種，西北灌區(qū)的中黃35創(chuàng)造了畝產(chǎn)421.37公斤的我國大豆單產(chǎn)最高紀錄。
大豆分子標記輔助育種技術(shù)研究方面，已挖掘出一批與生育期、蛋白質(zhì)含量、脂肪含量、抗病蟲性、抗旱耐淹性、抗倒伏、莢粒數(shù)等相關的性狀位點（QTL），在大豆結(jié)莢習性、耐鹽耐旱基因克隆、養(yǎng)分高效利用研究方面，獲得了一批在世界上居于領先地位的成果。
