黃瓜是重要經(jīng)濟(jì)作物，其基因組中有近30 %的區(qū)域是由核糖體DNA和微衛(wèi)星等復(fù)雜重復(fù)序列組成的，這個比例遠(yuǎn)高于水稻、玉米和西瓜等作物。受測序技術(shù)及組裝方法的限制，目前廣泛使用的華北密刺型黃瓜自交系“9930”參考基因組仍然有大量未知序列和72個缺口，嚴(yán)重影響基因注釋的準(zhǔn)確度，黃瓜參考基因組質(zhì)量亟待提高。
近日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所葫蘆科蔬菜遺傳育種創(chuàng)新團(tuán)隊首次完成接近完整的黃瓜參考基因組組裝和基因注釋，搭建了第一個黃瓜多組學(xué)綜合數(shù)據(jù)庫。相關(guān)研究成果發(fā)表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
該研究首次獲得了僅剩1個缺口的黃瓜參考基因組近完成圖，構(gòu)建了接近完整的黃瓜參考轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)集，完整度達(dá)99.19%，并搭建了第一個黃瓜多組學(xué)數(shù)據(jù)，為黃瓜功能基因組學(xué)和分子育種研究提供全面的共享平臺。
該研究得到蔬菜生物育種全國重點實驗室、國家重點研發(fā)計劃、中國農(nóng)科院科技創(chuàng)新工程等項目的資助。
